Las herramientas informáticas del IRB Barcelona se unen a la Pan-Cancer Alliance para investigar tumores humanos

El laboratorio, dirigido por Patrick Aloy, investigador ICREA del Instituto de Indagaciones Biomédicas (IRB Barcelona), abre hoy sus puertas Procedimiento natural Una herramienta informática que puede hacer más simple la comprensión molecular de las causas genéticas de anomalías de la salud complicadas como el cáncer, el Alzheimer o la diabetes.

Estudiosos del Laboratorio de Bioinformática Estructural y Biología de Redes se sumaron a una plataforma de red abierta. Hasta hoy, se han registrado mucho más de 23.000 mutaciones genéticas que afectan la función de 2.000 proteínas. Estas proteínas mutadas se han puesto entre las proteínas humanas que conocen el mapa de interacción. Mapeo del sistema Está disponible de forma gratuita en http://dsysmap.irbbarcelona.org, y los científicos de todo el planeta pueden poner en común sus datos sobre nuevas mutaciones de manera absolutamente anónima.

Desarrollado íntegramente en el IRB Barcelona, Mapeo del sistema – El nombre “Atlas de patologías sistémicas”: da datos moleculares sobre cómo las mutaciones en algunas proteínas cambian la relación con otras proteínas. Esta relación disfuncional perjudica el desempeño normal de los procesos celulares.

Por ejemplo, la herramienta puede argumentar por qué razón las mutaciones en la misma proteína ocasionan 2 enfermedades distintas o por qué las mutaciones locales en distintas proteínas causan la misma patología. Mapeo del sistema Afianza información sobre 2.804 enfermedades complicadas.

“Ubicamos las mutaciones en el contexto general de los procesos biológicos, que llamamos biología de sistemas o biología de redes; Así tenemos la posibilidad de entender mejor los efectos de las mutaciones patológicas conocidas ”, dijo Patrick Aloy. Mapeo del sistema Como “generador de hipótesis, también proporciona detalles sobre los mecanismos moleculares para comprender mejor las complicadas anomalías de la salud genéticas que constituyen la mayor parte de las enfermedades, como el cáncer, el Alzheimer o la diabetes”. el proyecto realizado por un emprendimiento Beca integrador ERC Aloi premiado.

Cáncer de páncreas, Atrás Huella digital de cáncer

Peter Campbell, Del Centro Sanger Welcome Trust Del Reino Unido y uno de los coordinadores Cáncer de páncreas, La persona recomienda la integración Mapeo del sistema En una plataforma compartida por más de un centenar de grupos, incluyendo la propia Aloy. Cáncer de páncreas Se examinan los genomas de 4.000 pacientes con diversos tipos de tumores en el mundo entero para identificar y entender la causa del desarrollo tumoral. “En este momento pueden presentarse diferentes grupos Mapeo del sistema Las mutaciones genéticas encontradas en los tumores con el fin de obtener una mejor visión general de los efectos sobre los procesos biológicos implicados y formular nuevas hipótesis ”, explica Aloy.

Publicado el mes pasado de noviembre célulaCon la participación de Patrick Aloy y Roberto Mosca, autores principales del producto de el día de hoy, se presentó en detalle la red de relaciones entre proteínas humanas. Este artículo contribuyó al desarrollo de la herramienta. “La información sobre mutaciones se ha compendiado a lo largo de varios años a partir de grandes proyectos como Cáncer de páncreas Verá mucho más, pero hasta ahora no disponemos un mapa suficientemente denso de relaciones de proteínas. célula El conocimiento en esta área se ha duplicado, Mapeo del sistema Combina todos y cada uno de los datos libres para lograr un mayor desempeño científico ”, explicó Aloy.

La confiabilidad de los datos aportados por los recursos informáticos se probó experimentalmente con ejemplos específicos en el laboratorio de bioinformática experimental compartidos por el IRB Barcelona y el Barcelona Supercomputing Center.

Articulo de referencia:

dSysMap: investigación del papel marginal de las mutaciones de la patología

Roberto Mosca, Jofre Tenorio-Laranga, Roger Olivella, Victor Alcalde, Arnaul Céol, Montserrat Soler-López y Patrick Aloy

Procedimiento natural 12, 167-168 (2015) doi: 10.1038 / nmeth.3289

Imagen: Mapa de interacción proteica de la enfermedad de Alzheimer (Fuente: dSysMap, IRB Barcelona)

  • Creador: IRB Instituto de Indagaciones Biomédicas de Barcelona
  • 27/02/2015
  • Mapeo del sistema

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